Comece sua jornada retornando para GOD EATER Resurrection, como um novo membro do esquadrão de elite GOD EATER. Sua missão é derrotar o Aragami e reunir material sobre eles para a investigação, mas você percebe que há algo muito maior por trás de tudo isso. Você está sendo atraído para uma conspiração gigante que vai alterar o destino de toda a humanidade.

Três anos após os acontecimentos de GOD EATER Resurrection, uma chuva vermelha misteriosa de faíscas espalha uma pandemia fatal chamada a Peste Negra. E os membros da Unidade Especial "Blood", um afiliado da Organização Fenrir, são enviados para investigar... Prepare-se!